Willem Geubbels begann seine Laufbahn in seiner Geburtsstadt Villeurbanne im Grossraum Lyon, ehe er in die Jugendabteilung von Olympique Lyon wechselte. Beim Verein aus der Ligue 1 debütierte Geubbels im September 2017 für die Profis. Im gleichen Jahr folgte sein erstes Spiel auf europäischem Parkett, beim Europa-League-Spiel gegen Atalanta Bergamo. Geubbels wurde dabei mit seinen 16 Jahren und 113 Tagen zum jüngsten Spieler, der jemals in der Europa League eingesetzt wurde.

Im Sommer 2018 folgte ein Wechsel zur AS Monaco, wo sich Geubbels früh eine Beinverletzung zuzog und für rund 17 Monate ausfiel. Im Sommer 2021 wurde er an den FC Nantes ausgeliehen, für den er zwei Pflichtspieltreffer machte. Nach dem Leihende kehrte der Junioreninternationale im Sommer 2022 zu den Monegassen zurück und wechselt nun für zweieinhalb Jahre zum FCSG.

«Willem hat schon mehrfach unter Beweis gestellt, dass er ein toller Fussballer ist. Mit ihm haben wir eine zusätzliche Option für unsere Offensive», freut sich Sportchef Alain Sutter. Beim FC St.Gallen 1879 erhält Willem Geubbels das Trikot mit der Nummer 69.